Město Praha vzniklo v rozšířené části údolí Vltavy v tzv. Pražské kotlině. Pro Prahu je charakteristický členitý reliéf se zahloubeným korytem Vltavy a jejích bočních přítoků. Podobně jako Vltava, zejména při severním okraji Prahy, tak i její boční přítoky vytváří místy hluboce zaříznutá a kaňonovitá údolí (např. Tiché údolí, Šárecké údolí aj.). Nad značně obnažený povrch původní paroviny vystupují místy skalní hřbety, suky a návrší tvořené tvrdými horninami jako jsou zejména buližníky (Tiché údolí, Divoká Šárka, Velká skála aj.) a křemence (např. Bílá skála, Jabloňka, Skalka). Obtížně přístupné hřbety a suky zůstaly zpravidla nezastavěny, a tak i v současné době jsou alespoň částečně pokryty přirozenými, místy i druhotnými lesními porosty. Do jihozápadní části Prahy zasahuje Český kras (silur, devon). Toto území je převážně tvořeno vápenci, ale také graptolitovými břidlicemi, diabasovými lávami aj.
Z klimatologického hlediska lze pražské území považovat za typ mírně humidní zóny s výraznou, nepříliš chladnou zimou (Walter et Liehm 1962). Územím Prahy prochází klimatické rozhraní mezi teplou a mírně teplou oblastí. Převládají zde západní a jihozápadní větry. Členitý reliéf Prahy způsobuje místní odchylky klimatu, které nejsou, s ohledem na malý počet meteorologických stanic, významněji podchyceny (Moravec et al. 1991). Klima velkoměsta je obecně teplejší než klima okolní méně zastavěné krajiny.
Ve shodě s odlišným klimatem, vývojem území a floristickými či vegetačními poměry byla v jižní až jihovýchodní části Prahy vedena hranice mezi oblastí teplomilné květeny - termofytikem a vlhčí oblastí středoevropského opadavého listnatého lesa - mezofytikem. Termofytikum představuje území z převážné části (již od neolitu) odlesněné s xerotermními travinnými společenstvy na svazích a skalách, případně se zachovalými teplomilnými a šípákovými doubravami.
Značná část pražského prostoru byla dlouhodobě osídlena a ovlivňována časnými zásahy člověka. Ty lze např. doložit v severní části nynější Prahy nedaleko Vltavy a při JZ okraji v oblasti Českého krasu. V této starosídelní, více méně nepřetržitě osídlené krajině, lze mnohde doložit lidské působení na období posledních sedmi tisíců let (Janeček 1983, Němec et al. 1997, aj.). Tato okolnost napomohla šíření xerotermních resp. stepních druhů na odlesněná stanoviště.
Náhorní plošiny nad skalnatými svahy byly místy využity a osídleny jako hradiště (Šárka, Podhoří, Zámka v Bohnicích, Butovice, Hostivař). Některé ostrohy‚ hřbety se strmými svahy nacházející se uvnitř Pražské kotliny (Hradčany, Vyšehrad) byly osídleny a opevněny o něco později než zmíněná hradiště, sehrály však významnou úlohu při vzniku města. Široká údolí, mírné svahy i jiźní terasy byly v průběhu pozdějšího rozvoje města zpravidla odlesněny, využívány zprvu zemědělsky či pastevecky, avšak později byly postupně z větší části zastavěny.
Se vznikem větších nelesních ploch se za dlouhé období vytvořila flóra i fauna náhradních přirozených společenstev - lučních, křovinatých, pobřežních i bezprostřední lidskou činností ovlivňovaných společenstev synantropních. Některé souvisle již neolitickým člověkem osídlené a obhospodařované oblasti zaznamenaly stepní vývoj včetně udržení půdního typu - černozemě (Skalický 1985).
Původně lesnatá území při JV okraji dnešní Prahy bylo zpravidla osidlováno značně později. K souvislejšímu osídlení zde docházelo většinou až v období středověku. (I keltské oppidum na Závisti na jižním okraji dnešní Prahy bylo osídleno jen po přechodnou dobu a později samovolně zarostlo lesem).
Území Prahy je do značné míry jedinečné početným zastoupením přírodě blízkých biotopů, míst, kde se lidské působení neprojevilo příliš negativně. Mnohé plochy zeleně i (polo)přirozená stanoviště maloplošných chráněných území představují v obklopení zástavbou "ostrovní" přírodní refugia.
Na území Prahy se nachází 88 maloplošných zvláště chráněných území. Snahou ochrany přírody je i v komplikovaných podmínkách velkoměsta vytvořit vzájemně propojené větší územní celky - tzv. přírodní parky, kterých se na území Prahy nachází 11 (Draháň - Trója, Šárka - Lysolaje, Botič - Milíčov, Hostivař - Záběhlice, Rokytka, Říčanka, Klánovice - Počernice, Modřanská rokle - Cholupice, Košíře - Motol, Prokopské a Dalejské údolí, Radotínské údolí).
Velkoměsto jako Praha zahrnuje široký gradient prostředí od člověkem zcela pozměněného po přírodní či alespoň přírodě blízké. Pokud bychom srovnali Prahu se stejně velkým územím, náhodně vybraným v běžné kulturní krajině středních Čech, pravděpodobně by jej významně předčila pestrostí svého prostředí. Vděčí za ni nejen přítomnosti bohaté palety urbánních biotopů. Významnou měrou pestrost pražského prostředí zvyšuje poloha na rozhraní chladnějšího mesofytika a teplého termofytika, členitá konfigurace pražské kotliny s řadou různě širokých a hlubokých bočních údolí a v neposlední řadě také osobitý management především lesní ale i zemědělské půdy. V devatenáctém a dvacátém století klesal na některých lokalitách tlak na jejich hospodářské využití, díky čemuž se zde uchovala řada polopřirozených ekosystémů.
Lesní biotopy představují především drobné i rozsáhlejší, přirozené i druhotně vysazované lesy a lze k nim však řadit také většinu krajinářsky pojednaných parků. Ještě pestřejší skladbu má bezlesí. Dominují v něm ovšem polní kultury, vedle nich se však setkáme s různými typy luk a dokonce i se zbytky polopřirozených stepních porostů. Specifické místo zaujímají ruderalizované plochy na okrajích souvislé zástavby. Ani ta není zdaleka uniformní. Lze v ní rozlišit především blokovou zástavbu středu města, rozvolněnou zástavbu okrajových obytných sídlišť a mozaikovitě rozmístěné oblasti s převahou individuální zástavby. Specifické postavení zaujímají různě rozsáhlé průmyslové zóny. Pro obohacení pražské avifauny mají zásadní význam vodní toky a nádrže spolu s přilehlými mokřady.
V současné době zaujímají lesy přibližně 9% výměry Prahy, tj. 4 880 ha (Němec et al. 1997). První zásahy do lesa byly konány ve spojitosti s osidlováním, s potřebou dřeva na stavby a výrobu nástrojů, zemědělským a pasteveckým využíváním krajiny. Již v období středověku bylo blízké okolí tehdejší Prahy do značné míry odlesněno, zejména ve spojitosti s používáním dřeva jako paliva a ke stavebním účelům. S rozrůstáním města i se zvýšenou spotřebou dřeva zanikaly další lesní porosty.
I přes značný tlak na využití ploch a zejména na jejich postupnou zástavbu se na území Prahy zachovala místa s kontinuálním
zalesněním. S většími lesními celky s přirozenou skladbou dřevin i bylinného patra se setkáváme hlavně na
svažitém terénu a přilehlých plošinách zejména v okrajových částech Prahy. Jde např.o Kunratický les, Břežanské údolí (PR Šance) a Komořanské lesy, Dalejský háj, Radotínské údolí, Klapici, Chuchelský háj a Roztocký háj.
Na později a méně osídleném východním okraji Prahy je to zejména Klánovický les s Cyrilovem a obora v Uhříněvsi. Kontinuitu lesních porostů lze doložit na přirozené skladbě lesních porostů včetně bylinného patra, místy se starými stromy a výskytem celé řady bezobratlých živočichů, kteří indikují kontinuitu zalesnění.
Podél toku Vltavy rostly kdysi
lužní lesy. Na území Prahy se zachovaly pouze v nepatrných zbytcích či spíše jen v náznacích při Vltavě v Tróji, v Královské
oboře, případně i na říčních ostrovech Vltavy, na úseku Vltavy mezi Braníkem, Modřany a Komořany, kde kdysi bývaly i rozsáhlejší
aluviální louky, křoviny vrb ap. (Baum 1955). Zachovalo se však mrtvé rameno Berounky pod Zbraslavským zámkem zvané Krňák.
Některé jiné, avšak z větší části nepůvodní lesní porosty, vznikly zpravidla v 18. století jako bažantnice (Bažantnice v Satalicích, Cholupická bažantnice) případně jako zámecký park (Vinořský park).
Přibližně od druhé poloviny minulého století probíhaly v několika etapách zalesňovací akce, které si kladly za cíl postupné zalesnění v minulosti odlesněných holých strání, místy využívaných zejména jako pastviny. Tak byly uměle zalesněny vrch Vítkov, letenské stráně a posléze i další svahy v údolí Vltavy a jejích přítoků (Modřanská rokle, část Šáreckého a Dalejského údolí aj.). Při tomto zalesňování byly však mnohde použity nevhodné dřeviny, a to jak cizokrajné - zejména akát, později borovice černá a místy i dub červený, tak i naše domácí dřeviny, v dané oblasti však nepůvodní (zejména smrk, modřín, částečně i borovice lesní). Nadměrné používání nepůvodních dřevin zejména akátu, který se dobře ujímal i na extrémních polohách, se ukázalo jako nešťastné řešení. Umělé lesní porosty, ve srovnání s porosty přirozenými, jsou zpravidla druhově chudší. V bylinném i keřovém patře se často uplatňují nitrofilní a ruderální druhy rostlin. Rozsáhlé zalesňování vedlo k úbytku až vymizení celé řady xerotermních druhů rostlin a stepních živočichů, zpravidla však bezobratlých (Strejček 1985).
V poválečném období se změnou ve způsobech hospodaření (opuštění pastvy a sekání travnatých porostů, zánik vinic ap.) dochází k postupnému zarůstaní bezlesých svahů dřevinami (přirozená sukcese), což má za následek další ústup stepních druhů rostlin, hmyzu ap.
Dva největší pražské parky – Královská obora a Petřín vznikaly od pozdního středověku postupnou přeměnou původních lesů. V prvém jsou zachovány zbytky lužních porostů, v druhém suťové listnaté háje. Některé partie obou parků s plně zapojeným stromovým patrem mají lesní charakter. V dalších se střídají různě velké skupiny převážně listnatých dřevin s rozsáhlejšími otevřenými plochami, které pokrývají více či méně pravidelně kosené trávníky. Na Petříně nalezneme také staré ovocné sady. Přeměnou původních listnatých lesů vznikla i obora Hvězda. Od předchozích parků ji odlišuje vyšší zápoj stromového patra, který jí poskytuje převážně lesní charakter. Díky značnému stáří nacházíme na všech třech výše uvedených lokalitách velký počet doupných stromů.
V renesanční a barokní době byly při šlechtických palácích zakládány četné soukromé zahrady. Zachovaly se především v širším okolí Pražského hradu. Jejich vegetace je velmi rozmanitá, většina z nich však prošla přeměnou na anglické parky.
Veřejně přístupné městské parky vznikaly hlavně v minulém století. Mezi významnější patří například Vyšehrad, Letenské, Riegrovy a Havlíčkovy sady. Poblíž historického středu města se nachází poměrně rozsáhlý park na Karlově náměstí. Parkovou úpravou prošla i většina centrálních vltavských ostrovů. Vezmeme-li v úvahu menší plochy s rozlohou nejvýše několika málo hektarů, jde celkový počet parků do desítek. Vegetaci nově zakládaných parků lze jen obtížně popsat jako celek. V jejich stromovém patru vždy převládají listnáče a je obvykle dostatečně staré na to, aby poskytovalo hnízdní příležitosti dutinovým ptákům. Největší podíl parkových ploch včetně obou největších parků nalezneme na levém břehu Vltavy v bezprostředním i širším okolí Pražského Hradu.
Osobitou skupinu parkových ploch vytvářejí městské hřbitovy. Jejich největší komplex nalezneme na pravém břehu Vltavy na rozhraní čtvrtí Vinohrady a Žižkov, kde jinak chybějí velké parky. Dominují mu Olšanské hřbitovy, které se svoji rozlohou se vyrovnávají Petřínu či Královské oboře. Většinu velkých hřbitovů charakterizuje víceméně souvislé avšak nepříliš husté stromové patro. Keřové patro bývá dobře vyvinuto a vždy se v něm vyskytují jehličnany.
Naprostou většinu nelesních biotopů na území pražské aglomerace představuje zemědělská půda. Zcela na ní převažují polní kultury,obhospodařované louky tvoří zanedbatelný podíl, pastviny zcela chybí. Mimořádně vysoký podíl rozsáhlých zemědělských pozemků bez jakékoliv rozptýlené zeleně nalezneme na severním okraji Prahy, kde pražská kotlina vyúsťuje do úrodné Polabské nížiny. Daleko bohatěji členěná je zemědělská krajina na zvlněném jižním okraji Prahy.
Zbytky floristicky poměrně bohatých lučních porostů nalezneme pouze v nivách větších potoků (především Botiče a Rokytky) nebo v okolí některých vodní nádrží. Nejvýznamější jsou asi Šeberovské louky u stejnojmenné soustavy rybníků.
Významné postavení zaujímaly v Praze v minulosti přirozené či alespoň polopřirozené porosty stepního charakteru. Nacházely se na všech strmějších stráních Vltavské kotliny a v údolích některých levobřežních přítoků Vltavy (Berounka, Dalejský potok, Šárecký potok). Sloužily vždy jako pastviny. Již v minulém století však začalo jejich plánovaným zalesňováním a tento proces spontánně pokračoval po druhé světové válce, kdy zde zcela zanikla jakákoliv pastva. V současnosti se čisté stepi zachovaly pouze na nejstrmějších skalnatých svazích (Šárecké údolí, Prokopské údolí, Radotínské údolí). Na méně exponovaných místech je nahradily více či méně rozvolněné porosty křovin a stromů.
Po zemědělsky obhospodařovaných pozemcích jsou pravděpodobně nejčastějším typem nelesních biotopů ruderální a ruderalizované ekosystémy. V různě širokém pásu obklopují souvislou zástavbu středu města. Vznikají sukcesí opuštěných polí nebo velkých stavenišť. Na jejich rozsahu se podepsalo socialistické stavebnictví, které nemuselo příliš hledět na rozlohu zabraných pozemků ani na délku výstavby. Největší plochy ruderální vegetace vznikaly v souvislosti s výstavbou obytných sídlišť, v letech mapování především na jižním a západním okraji města.
Osu Prahy vytváří největší česká řeka Vltava. Na téměř celém pražskému úseku byla již v minulém století důsledně regulována, přesto si uchovává značný význam jako ornitologická lokalita, i když spíše tahová než hnízdní. S Vltavou bezprostředně souvisí některé další lokality, především Královská obora a jediné uchované slepé říční rameno – Krňák. Na svém pražském úseku přijímá Vltava jediný větší přítok – Berounku. Ta díky citlivější regulaci, bez vydlážděných břehů poskytovala v letech mapování vhodné hnízdní prostředí některým z nejvzácnějších ptačích druhů, mimo jiné i pisíkovi obecnému.
Do pražské kotliny vtéká celá řada drobnějších vodních toků. Levobřežní jsou obvykle menší a protékají úzkými, často skalnatými údolími. Mezi významnější patří Šárecký, Dalejský a Radotínský potok. Poskytují hnízdní prostředí takovým druhům, jako jsou konipas horský ale i skorec vodní. Nejvýznamnější pravobřežní přítoky, (Botič, Rokytka, Kunratický potok) jsou mohutnější a na svých horních tocích nepříliš regulované. Zde v četných meandrech protékají poměrně širokými nivami. Pro avifaunu mají zřejmě největší význam, na značné části horních toků velmi dobře uchované břehové porosty.
Ve srovnání s jihočeskými pánvemi se v Praze nachází pouze nevelké množství rybníků. Přesto podstatnou měrou zvyšují druhové bohatství pražské avifauny. Nejvýše několik málo hektarů velké izolované rybníčky obvykle bez jakékoliv litorální vegetace nalezneme po celém obvodu městského centra. Významnější rybníky se až na jedinou výjimku (rybník Kala u Hostivic) soustřeďují na pravém břehu Vltavy v povodí Rokytky, Botiče a Kunratického potoka. Největší z nich je Počernický rybník (37 ha). Napájí jej potok Rokytka a v okolí jejího vtoku se rozkládají poměrně rozsáhlé rákosiny. Další rybníky s bohatší litorální vegetací vytvářejí menší rybniční soustavy (Lítožnické, Šeberovské a Milíčovské rybníky). Ptáci zde osídlují také zbytky vlhčích luk mezi jednotlivými nádržemi. Vedle rybníků se v Praze nalézají i další typy nádrží s rozmanitou funkcí. Největší z nich je k rekreačním účelům vybudovaná Hostivařská přehrada. V letech mapování mimořádným způsobem obohatily pražskou avifaunu dvě nově napuštěné retenční nádrže v Ruzyni. Zaplavená bylinná vegetace, spolu s absencí rybí obsádky na ně přilákaly především některé vzácnější druhy kachen. Bez významu pro avifaunu nejsou ani zatopené těžní jámy. Jedna z nich (hliník u Uhříněveské cihelny) hostila v letech mapování největší pražskou kolonii racků chechtavých.
Historické čtvrti Prahy (Staré Město, Nové Město, Malá Strana, Hradčany) pocházejí z 13. až 14. století. Přestože od svého založení prošly složitým vývojem do současnosti si zachovaly významný podíl původní nebo pouze upravované zástavby. Ta zde vytváří kompaktní bloky dvou až pěti patrových domů s malými dvory. Jedinou zeleň zde představují zahrady šlechtických paláců a veřejné parkové plochy, které se ve velkém množství nacházejí především na levém břehu Vltavy v okolí Pražského hradu. Další obytné čtvrti (Žižkov, Vinohrady, Vršovice, Nusle, Smíchov, Holešovice, Libeň, Vysočany) vznikaly v druhé polovině 19. a v první polovině 20. století. Jejich zástavbu opět tvoří uzavřené bloky několikapatrových domů. Proti historickým čtvrtím zde však bývají větší vnitroblokové prostory, které umožňují výsadbu keřové i stromové zeleně. Nalezneme ji především v novější zástavbě z první poloviny 20. století. Parkové plochy jsou v těchto čtvrtích poměrně vzácné.
Po druhé světové válce dochází ve výstavbě obytných čtvrtí k radikálnímu obratu. Místo uzavřených bloků oddělených uliční sítí vytvářejí novou zástavbu soliterní domy obklopené rozsáhlými volnými plochami. Tradiční zděné stavby nahrazují velmi brzo konstrukce z betonových panelů. Jednotlivé domy mohou být dlouhé desítky i stovky metrů a postupně vzrůstá i jejich výška. Běžně se pohybuje mezi pěti až devíti patry, některé věžové domy jsou však i třináctipatrové. Postupně vznikla, především na okrajích starší zástavby celá řada nových obytných sídlišť. Z padesátých let pocházejí Strašnice a Pankrác, z šedesátých například Letňany, Malešice, Invalidovna a Ďáblice, ze sedmdesátých Prosek, Čakovice, Lhotka, Spořilov a Bohnice, z osmdesátých Jižní Město, Jihozápadní město, Modřany, Černý Most. Proč věnujeme jejich výčtu takovou pozornost? Rozsáhlé volné plochy mezi jednotlivými domy procházejí postupně pozoruhodnými proměnami, které ovlivňují složení sídlištní avifauny. Během výstavby a těsně po ní zde jedinou zeleň představuje sporadická ruderální vegetace. Právě na toto stadium jsou vázány dva, v Praze velmi vzácné ptačí druhy - bělořit šedý a chocholouš obecný. Ruderální vegetaci postupně nahrazují vysévané, pravidelně kosené trávníky doplněné výsadbou keřů a stromů. V tomto stadiu je avifauna sídlišť zřejmě nejchudší. Postupné stárnutí dřevin mění plochy mezi jednotlivými domy ve více či méně plnohodnotnou parkovou zeleň, postupně osídlovanou celou řadou ptačích druhů. Složení avifauny poválečných obytných sídlišť tedy ovlivňuje především jejich stáří.
Nedílnou součástí pražské obytné zástavby jsou také individuální rodinné domy. Specifické postavení v této skupině zaujímají luxusní rezidenční čtvrti. Jednotlivé domy v nich obklopují okrasné zahrady o rozloze mnoha set metrů čtverečních. Typický je pro ně vyšší podíl jehličnatých stromů a keřů. Avifauna těchto čtvrtí svým druhovým bohatstvím předstihuje chudší parky. Nalezneme je především v severozápadní (Hanspaulka, Ořechovka) a severní (Trója) části města, ale i na protilehlém jižním okraji Prahy (Bráník). Běžnější vilové čtvrti lemují v nesouvislém pásu celý obvod městského jádra (např. Motol, Kobylisy, starý Prosek, staré Strašnice, starý Spořilov...). Odlišují se od předchozích především menší rozlohou zahrad, které obývají pouze nejpřizpůsobivější ptačí druhy. Vznikaly nejbouřlivěji v prvé polovině 20. století.
Součástí pražské sídlení aglomerace jsou i příměstské obce ležící mimo souvisle zastavěný střed města. V řadě z nich již převažuje typická vilová zástavba, čímž nabývají městský charakter (např. Klánovice, Újezd...). Intenzivní výstavba zde probíhala především po druhé světové válce, zvláště pak v sedmdesátých a osmdesátých letech. Mnohé příměstské obce, především pokud leží v méně atraktivním prostředí, si však uchovaly vesnický charakter. Nejčastěji se s nimi setkáme na severním a východním okraji Prahy. Jejich součástí jsou objekty zemědělské velkovýroby, v zahradách převažují ovocné dřeviny a zeleninové záhony. Bohatství jejich avifauny závisí na okolí. Ty, které se v dvacátém století podstatněji nerozšiřovaly, bývají obklopeny bohatou rozptýlenou zelení, kterou zarůstají bývalé obecní pozemky. Mezi česká specifika patří výstavba individuálních rekreačních objektů. Na území Prahy se častěji setkáme pouze se zahrádkářskými koloniemi. Jedná se o bloky nevelkých užitkových zahrad s drobnými zahradními domky. I takovéto objekty však hostí osobitou avifaunu. Patří k ní například rehek zahradní.
Vedle obytných čtvrtí jsou plošně nejvýznamnější složkou pražské zástavby průmyslové areály. Soustřeďují se především na východním okraji souvisle zastavěného středu města (Libeň, Vysočany, Měcholupy, Malešice). Kvadráty s jejich převahou se vyznačují mimořádně chudou avifaunou.
Přehled místních názvů uváděných v textu a jejich lokace v kvadrátech:
Albertov 1010
Barrandov 1308
Bažantnice v Hutích 0615
Botanická zahrada na Slupi 1010
Brůdek (rybník) v Šeberově 1514
Bulovka 0612
Cibulky 1106, 1107
Císařský ostrov 0609
Čelakovského sady 0910
Čimický háj 0511, 0510
Drahaňská rokle 0309
Ďáblický háj 0412
Gröbovka (dnes Havlíčkovy sady) 1011
Hanspaulka 0708
Havlíčkovy sady 1011
Hrnčířský rybník 1514
Hvězda 0905, 0906
Chotkovy sady 0809
Chuchelský háj 1408
Jelení příkop 0809
Kateřinská zahrada 1010
Kinského sady 0909
Klánovický les 0820, 0821, 0822, 0921, 0922
Klárov 0809
Královská obora 0709, 0710
Krčský les 1312
Kunratický les 1412, 1413
Kyjský rybník 0716
Letenská pláň 0809, 0810
Letenské sady 0809, 0810
Lítožnice 1018
Lobkovická zahrada 0909
Maniny 0712
Martiňák (rybník) 0817
Milíčovský les 1415
Milíčovské rybníky 1315, 1316
Olšanské hřbitovy 0912
Petřínské sady 0909
Počernický rybník 0817,0917
Prokopské údolí 1308, 1309
Riegrovy sady 0911
Rohanský ostrov 0811
Seminářská zahrada 0909
Slovanský ostrov 0909
Smetanka 0814
Stará řeka 0709
Stodůlky 1205
Střelecký ostrov 0909
Šeberovské rybníky 1514
Štvanice 0811
Vítězné náměstí 0709
Vítkov 0811, 0812
Vrchlického sady 0910
Xaverovský háj 0818, 0819
Záběhlický rybník (Hamerský) 1113